La chiesa parrocchiale dedicata a San Vittore si trova nel centro del paese, di fronte all'antico Battistero. Viene già citata nel 976 come "basilica Sancti Victoris constructa infra castro Agredade" e donata da Ottone I ai canonici di San Giulio dell'isola d'Orta. Pertanto i canonici ne sono i legittimi proprietari, ma la chiesa è sottoposta alla giurisdizione del Vescovo di Novara. In seguito, nel Basso Medioevo, passa alle dipendenze della Pieve di Suno. È a tre navate, orientata. Ampiamente rimaneggiata nel seicento e nei primi anni del novecento, al suo interno sono conservati alcuni affreschi di antica fattura. Il Battistero, dedicato a San Giovanni, fu sicuramente consacrato tra il 1122 ed il 1148 durante il vescovato di Litifredo, come documentato nei testimoniali del 1157, in cui il preposito di San Giulio d'Orta testimonia di aver assistito alla sua consacrazione. Raro esempio di battistero romanico, il San Giovanni di Agrate è formato da una parte inferiore circolare irregolare, ed è sovrastato da una parte superiore ottagonale. Gli innumerevoli studiosi che si sono occupati dell'antico monumento sono quasi tutti concordi nel ritenere che la parte inferiore, realizzata in pietre più rozzamente squadrate e ciottoli disposti a spina di pesce, sia databile attorno al X secolo. Si ritiene, invece, che la parte superiore, costruita con pietre sapientemente squadrate e corredata di due monofore alte e strette a doppia strombatura, con una serie di trifore cieche, rette da colonnine in serizzo, disposte su ogni lato e tenute da una cornice di archetti pensili, sia una costruzione dell'XI - XII secolo. L'edificio, nel corso dei secoli, ha subito varie modifiche. Nel seicento fu costruito davanti all'ingresso un portico che collegava il battistero con la chiesa, venne demolita l'absidiola nord e si edificò una cappella quadrata. Al suo interno una vasca ottagonale è incassata nel pavimento e una serie di affreschi del XV - XVI secolo decorano alcune arcate e la volta sovrastante. Nel corso del XX secolo un susseguirsi di restauri mirati hanno portato il battistero al suo antico splendore.